La question de l’eau en zone désertique renvoie généralement vers la limitation des activités contraintes par une ressource réduite. Dans le cas de la RBM, la ressource dépend du climat très irrégulier et des ressources souterraines lentement ou non renouvelables et généralement contaminées par du fluor et de l’arsenic, auxquels s’ajoutent des perturbations liées aux changements climatiques. Dans la réserve, la ressource en eau constitue un facteur limitant du développement des activités que ce soit d’élevage ou d’extraction de sel, d’autant plus important qu’en dehors de la réserve les puits profonds sont autorisés et permettent le développement d’activités intensives. La ressource en eau constitue par ailleurs un facteur de vulnérabilité pour les populations auquel les chercheurs peuvent apporter des solutions (panneau solaire pour l’extraction de l’eau, solution de traitement) et la CONANP des appuis matériels.