L’idée de la zone protégée émerge au début des années 1970 et se matérialise en 1977 d’abord par une « reserva forestal integral » établie par Décret de l’Etat de Durango. Avec l’adhésion au programme MAB la même année, elle portera aussi le statut de « reserva de biosfera y refugio faunistico ». On observera alors deux phases dans l’histoire de la RBM : la première 1977-2000 se caractérise par une Réserve de Biosphère sous la tutelle de l’INECOL et une prédominance des actions de conservation et d’investigations. Cette première phase est marquée par un foisonnement des actions de recherche et sera reconnue comme utile à la bonne connaissance des ressources et des acteurs pour de meilleures actions.
Un virage s’amorce au cours des années 1990 avec l’arrivée de l’ORSTOM qui ouvre sur de nouveaux thèmes de recherche et avec la publication de divers textes de Gonzalo Halffter qui remet en avant l’importance de la participation des acteurs locaux.
La véritable matérialisation de la participation des communautés se fera avec le changement de gestionnaire de la réserve. En 2000, à l’arrivée de la CONANP à la tête de la gestion de la réserve, s’amorce une intégration plus marquée de la prise en compte des activités au sein de la réserve et une implication de la population dans les actions de surveillance et de restauration.
La recherche reste aujourd’hui un point fort de la réserve dans un contexte collaboratif CONANP/chercheurs/communauté. Dans ce fonctionnement l’UNESCO apporte un cadre d’échanges d’expériences acquises alors que la réserve remplie les obligations du programme MAB.